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• 1．

  Inference of Genetic Networks from Steady-state and\\ Pseudo Time-series of Single-cell Gene Expression Data using Modified Random Forests 、 S.Kimura, H.Kitajima, M.Tokuhisa, M.Okada 、 Proc. of the 2023 IEEE Symposium Series on Computational Intelligence 、 1巻 （頁 1579 ～ 1586） 、 2023年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 2．

  Inference of Genetic Networks using Random Forests: Performance Improvement using a New Variable Importance Measure 、 S.Kimura, Y.Takeda, M.Tokuhisa, M.Okada 、 Chem-Bio Informatics Journal 、 22巻 （頁 88 ～ 109） 、 2022年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 3．

  Inference of Genetic Networks using Random Forests: A Quantitative Weighting Method for Gene Expression Data 、 S.Kimura, K.Sota, M.Tokuhisa 、 Proc. of the 2022 IEEE Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology 、 1巻 （頁 123 ～ 130） 、 2022年 、 国際会議proceedings 、 共著 、 英語

• 4．

  Feature Selection using Modified Null Importance 、 S.Kimura, D.Oda, M.Tokuhisa 、 Proc. of the 2021 IEEE Symposium Series on Computational Intelligence 、 1巻 （頁 1 ～ 7） 、 2021年 、 国際会議proceedings 、 共著 、 英語

• 5．

  Detection of Weak Relevant Variables using Random Forests 、 S.Kimura and M.Tokuhisa 、 Proc. of the SICE Annual Conference 2020 （頁 838 ～ 845） 、 2020年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 6．

  Inference of genetic networks from time-series and static gene expression data: combining a random-forest-based inference method with feature selection methods 、 S.Kimura, R.Fukutomi, M.Tokuhisa and M.Okada 、 Frontiers in Genetics 、 11巻 595912号 （頁 1 ～ 11） 、 2020年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 7．

  Inference of Genetic Networks using Random Forests: Assigning Different Weights for Gene Expression Data 、 S.Kimura, M.Tokuhisa, M.Okada 、 Journal of Bioinformatics and Computational Biology 、 17巻 4号 （頁 1950015 ～ ） 、 2019年 、 学術雑誌 、 共著 、 英語

• 8．

  Feature Selection based on Random Forests and its Application to a Modeling of Sewage Treatment Plant 、 S.Kimura, M.Tokuhisa, A.Uemura, M.Okada 、 Proc of the 24th International Conference on Technologies and Applications of Artificial Intelligence 、 0巻 0号 （頁 1 ～ 6） 、 2019年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 9．

  小型計算機におけるサービス指向発話文解析 、 徳久雅人, 木村周平 、 自然言語処理 、 26巻 3号 （頁 545 ～ 578） 、 2019年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 10．

  Transcriptionally inducible Pleckstrin homology-like domain family A member 1 attenuates ErbB receptor activity by inhibiting receptor oligomerization 、 S.Magi, K.Iwamoto, N.Yumoto, M.Hiroshima, T.Nagashima, R.Ohki, A.Garcia-Munoz, N.Volinsky, A. von Kriegsheim, Y.Sako, K.Takahashi, B.N.Kholodenko, S.Kimura, M.Okada-Hatakeyama 、 J. of Biological Chemistry 、 293巻 （頁 2206 ～ 2218） 、 2018年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 11．

  Inference of Genetic Networks Using Random Forests: Use of Different Weights for Time-series and Static Gene Expression Data 、 S.Kimura, M.Tokuhisa and M. Okada-Hatakeyama 、 Proc. of the 18th IEEE International Conference on Bioinformatics and Bioengineering （頁 98 ～ 103） 、 2018年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 12．

  Using A Priori Knowledge after Genetic Network Inference: Integrating Multiple Kinds of Knowledge 、 S.Kimura, K.Kitazawa, M.Tokuhisa, M.Okada-Hatakeyama 、 Chem-Bio Informatics Journal 、 17巻 （頁 53 ～ 71） 、 2017年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 13．

  Inference of Genetic Networks from Time-series of Gene Expression Levels Using Random Forests 、 S.Kimura, M.Tokuhisa, M. Okada-Hatakeyama 、 Proc. of the 2017 Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology 、 1巻 （頁 22 ～ 27） 、 2017年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 14．

  Genetic Network Inference using Hierarchical Structure 、 S.Kimura, M.Tokuhisa, M.Okada-Hatakeyama 、 Frontiers in Physiology 、 7巻 57号 （頁 1 ～ 12） 、 2016年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 15．

  Recommending Paragraphs of Wikipedia Pages as a Travel Guide 、 M.Tokuhisa, Y.Ishihara, S.Kimura, K.Oku 、 Proc. of the 9th International Workshop on Computational Intelligence and Applications （頁 57 ～ 62） 、 2016年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 16．

  Simultaneous Execution Method of Gene Clustering and Network Inference 、 S.Kimura, M.Tokuhisa, M. Okada-Hatakeyama 、 Proc. of the 2016 Conference on Computational Intelligence in Bioinformatics and Computational Biology （頁 1 ～ 7） 、 2016年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 17．

  Improvement of Reliabilities of Regulations using a Hierarchical Structure in a Genetic Network 、 S.Kimura, M.Okada-Hatakeyama 、 Proc. of the 2015 International Joint Conference on Neural Networks （頁 485 ～ 491） 、 2015年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 18．

  An Effective Method for the Inference of Reduced S-system Models of Genetic Networks 、 S.Kimura, M.Sato, M.Okada-Hatakeyama 、 IPSJ Transactions on Bioinformatics 、 7巻 （頁 30 ～ 38） 、 2014年12月 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 19．

  A Fast Parameter Estimation Method for Inferring Reduced S-system Models of Genetic Networks 、 S.Kimura, M. Furuta, M. Sato, M. Okada-Hatakeyama 、 Proc. of 2014 International Conference on Information Systems and Computing Technology （頁 45 ～ 50） 、 2014年10月 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 20．

  Positive Feedback within a Kinase Signaling Complex Functions as a Switch Mechanism for NF-kB Activation 、 H.Shinohara, M.Behar, K.Inoue, M.Hiroshima, T.Yasuda, T.Nagashima, S.Kimura, H.Sanjo, S.Maeda, N.Yumoto, S.Ki, S.Akira, Y.Sako, A.Hoffmann, T.Kurosaki, M.Okada-Hatakeyama 、 Science 、 344巻 （頁 760 ～ 764） 、 2014年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 21．

  Inference of Vohradsky's Models of Genetic Networks by solving Two-dimensional Function Optimization Problems 、 S.Kimura, M.Sato, M.Okada-Hatakeyama 、 PLoS One 、 8巻 e83308号 （頁 1 ～ 11） 、 2013年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 22．

  Development of an Efficient Parameter Estimation Method for the Inference of Vohradsky's Neural Network Models of Genetic Networks 、 S.Kimura, M.Sato, M.Okada-Hatakeyama 、 Proc. of the 2013 International Joint Conference on Neural Networks （頁 2676 ～ 2681） 、 2013年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 23．

  Inference of S-system Models of Genetic Networks by Solving One-dimensional Function Optimization Problems 、 S.Kimura, D.Araki, K.Matsumura, M.Okada-Hatakeyama 、 Mathematical Biosciences 、 235巻 2号 （頁 161 ～ 170） 、 2012年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 24．

  Inference of S-system Models of Genetic Networks by Solving Linear Programming Problems and Sets of Linear Algebraic Equations 、 S.Kimura, K.Matsumura, M.Okada-Hatakeyama 、 Proc. of the 2012 International Joint Conference on Neural Networks （頁 2000 ～ 2007） 、 2012年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 25．

  GPを用いた顔表情画像の特徴抽出フィルタの最適化 、 松村, 神明, 木村 、 電気学会論文誌C 、 132巻 10号 （頁 1656 ～ 1666） 、 2012年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 26．

  An ErbB Receptor-mediated AP-1 Regulatory Network is Modulated by STAT3 and c-MYC during Calcium-dependent Keratinocyte Differentiation 、 Y.Saeki, T.Nagashima, S.Kimura, M.Okada-Hatakeyama 、 Experimental Dermatology 、 21巻 4号 （頁 293 ～ 298） 、 2012年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 27．

  Computation of Restoration of Ligand Response in the Random Kinetics of a Prostate Cancer Cell Signaling Pathway 、 S.Dana, T.Nakakuki, M.Hatakeyama, S.Kimura and S.Raha 、 Computer Methods and Programs in Biomedicine 、 101巻 1号 （頁 1 ～ 22） 、 2011年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 28．

  Constrained Multimodal Function Optimization using a Simple Evolutionary Algorithm 、 S.Kimura, K.Matsumura 、 Proc. of the 2011 Congress on Evolutionary Computation （頁 447 ～ 454） 、 2011年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 29．

  AGLSDC: a Genetic Local Search Suitable for Parallel Computation 、 S.Kimura, T.Nakakuki, S.Kirita, M.Okada 、 SICE Journal of Control, Measurement, and System Integration 、 4巻 2号 （頁 105 ～ 113） 、 2011年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 30．

  Efficient Parameter Estimation for the Inference of S-system Models of Genetic Networks: Proposition of Further Problem Decomposition and Alternate Function Optimization 、 S.Kimura, K.Matsumura, M.Okada-Hatakeyama 、 Chem-Bio Informatics Journal 、 11巻 （頁 24 ～ 40） 、 2011年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 31．

  Effective Parameter Estimation for S-system Models using LPMs and Evolutionary Algorithms 、 S.Kimura, Y.Amano, K.Matsumura and M.Okada-Hatakeyama 、 Proc. of the 2010 Congress on Evolutionary Computation 、 0巻 0号 （頁 2034 ～ 2041） 、 2010年 、 国際会議proceedings 、 共著 、 英語

• 32．

  Bootstrap Analysis of Genetic Networks inferred by the Method using LPMs 、 S.Kimura, K.Matsumura, M.Okada-Hatakeyama 、 Proc. of the 2010 International Conference on Computational Science and its Applications （頁 296 ～ 299） 、 2010年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 33．

  進化型計算手法を用いたグローバル経営人材育成のための適正評価システム 、 松村, 吉野, 木村, 白木 、 経営情報学会誌 、 19巻 2号 （頁 121 ～ 145） 、 2010年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 34．

  遺伝的プログラミング手法を用いた英日翻訳パターンの自動生成 、 松村, 爲國, 木村 、 電気学会論文誌C 、 130巻 6号 （頁 1078 ～ 1088） 、 2010年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 35．

  Inferring Cluster-based Networks from Differently Stimulated Multiple Time-course Gene Eexpression Data 、 Y.Shiraishi, S.Kimura and M.Okada 、 Bioinformatics 、 26巻 8号 （頁 1073 ～ 1081） 、 2010年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 36．

  Inference of Genetic Networks using LPMs: Assessment of Confidence Values of Regulations 、 S.Kimura, Y.Shiraishi and M.Okada 、 Journal of Bioinformatics and Computational Biology 、 8巻 4号 （頁 661 ～ 677） 、 2010年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 37．

  The Transcriptional Network that Controls Growth Arrest and Differentiation in a Human Myeloid Leukemia Cell Line 、 Harukazu Suzuki,Alistair R R Forrest,Erik van Nimwegen,Carsten O Daub,Piotr J Balwierz,Katharine M Irvine,Timo Lassmann,Timothy Ravasi,Yuki Hasegawa,Michiel J L de Hoon,Shintaro Katayama,Kate Schroder,Piero Carninci,Yasuhiro Tomaru,Mutsumi Kanamori-Katayama,Atsutaka Kubosaki,Altuna Akalin,Yoshinari Ando,Erik Arner,Maki Asada,Hiroshi Asahara,Timothy Bailey,Vladimir B Bajic,Denis Bauer,Anthony G Beckhouse,Nicolas Bertin,Johan Björkegren,Frank Brombacher,Erika Bulger,Alistair M Chalk,Joe Chiba,Nicole Cloonan,Adam Dawe,Josee Dostie,Pär G Engström,Magbubah Essack,Geoffrey J Faulkner,J Lynn Fink,David Fredman,Ko Fujimori,Masaaki Furuno,Takashi Gojobori,Julian Gough,Sean M Grimmond,Mika Gustafsson,Megumi Hashimoto,Takehiro Hashimoto,Mariko Hatakeyama,Susanne Heinzel,Winston Hide,Oliver Hofmann,Michael Hörnquist,Lukasz Huminiecki,Kazuho Ikeo,Naoko Imamoto,Satoshi Inoue,Yusuke Inoue,Ryoko Ishihara,Takao Iwayanagi,Anders Jacobsen,Mandeep Kaur,Hideya Kawaji,Markus C Kerr,Ryuichiro Kimura,Syuhei Kimura,Yasumasa Kimura,Hiroaki Kitano,Hisashi Koga,Toshio Kojima,Shinji Kondo,Takeshi Konno,Anders Krogh,Adele Kruger,Ajit Kumar,Boris Lenhard,Andreas Lennartsson,Morten Lindow,Marina Lizio,Cameron Macpherson,Norihiro Maeda,Christopher A Maher,Monique Maqungo,Jessica Mar,Nicholas A Matigian,Hideo Matsuda,John S Mattick,Stuart Meier,Sei Miyamoto,Etsuko Miyamoto-Sato,Kazuhiko Nakabayashi,Yutaka Nakachi,Mika Nakano,Sanne Nygaard,Toshitsugu Okayama,Yasushi Okazaki,Haruka Okuda-Yabukami,Valerio Orlando,Jun Otomo,Mikhail Pachkov,Nikolai Petrovsky,Charles Plessy,John Quackenbush,Aleksandar Radovanovic,Michael Rehli,Rintaro Saito,Albin Sandelin,Sebastian Schmeier,Christian Schönbach,Ariel S Schwartz,Colin A Semple,Miho Sera,Jessica Severin,Katsuhiko Shirahige,Cas Simons,George St Laurent,Masanori Suzuki,Takahiro Suzuki,Matthew J Sweet,Ryan J Taft,Shizu Takeda,Yoichi Takenaka,Kai Tan,Martin S Taylor,Rohan D Teasdale,Jesper Tegnér,Sarah Teichmann,Eivind Valen,Claes Wahlestedt,Kazunori Waki,Andrew Waterhouse,Christine A Wells,Ole Winther,Linda Wu,Kazumi Yamaguchi,Hiroshi Yanagawa,Jun Yasuda,Mihaela Zavolan,David A Hume,Takahiro Arakawa,Shiro Fukuda,Kengo Imamura,Chikatoshi Kai,Ai Kaiho,Tsugumi Kawashima,Chika Kawazu,Yayoi Kitazume,Miki Kojima,Hisashi Miura,Kayoko Murakami,Mitsuyoshi Murata,Noriko Ninomiya,Hiromi Nishiyori,Shohei Noma,Chihiro Ogawa,Takuma Sano,Christophe Simon,Michihira Tagami,Yukari Takahashi,Jun Kawai,Yoshihide Hayashizaki 、 Nature Genetics 、 41巻 5号 （頁 553 ～ 562） 、 2009年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 38．

  Inference of Genetic Networks using Linear Programming Machines: Application of A Priori Knowledge 、 S.Kimura, Y.Shiraishi, M.Hatakeyama 、 Proc. of the 2009 International Joint Conference on Neural Networks （頁 1617 ～ 1624） 、 2009年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 39．

  Genetic Network Inference as a Series of Discrimination Tasks 、 S.Kimura, S.Nakayama, M.Hatakeyama 、 Bioinformatics 、 25巻 7号 （頁 918 ～ 925） 、 2009年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 40．

  Function approximation approach to the inference of reduced NGnet models of genetic networks 、 S.Kimura, K.Sonoda, S.Yamane, H.Maeda, K.Matsumura and M.Hatakeyama 、 BMC Bioinformatics 、 9巻 23号 （頁 1 ～ 13） 、 2008年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 41．

  Density Estimation using Crossover Kernels and its Application to a Real-coded Genetic Algorithm 、 S.Kimura, K.Matsumura 、 Proc. of the 2008 Congress on Evolutionary Computation （頁 694 ～ 701） 、 2008年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 42．

  Inference of Genetic Networks using a Reduced NGnet Model 、 S.Kimura, K.Sonoda, S.Yamane, K.Yoshida, K.Matsumura and M.Hatakeyama 、 Proc. of the 2007 International Joint Conference on Neural Networks 、 0巻 0号 （頁 932 ～ 937） 、 2007年 、 国際会議proceedings 、 共著 、 英語

• 43．

  Function Approximation Approach to the Inference of Neural Network Models of Genetic Networks 、 S.Kimura, K.Sonoda, S.Yamane, K.Matsumura, M.Hatakeyama 、 IPSJ Transactions on Bioinformatics 、 48巻 SIG5号 （頁 9 ～ 19） 、 2007年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 44．

  Improvement of the Performances of Genetic Algorithms by Using Low-discrepancy Sequences 、 S.Kimura and K.Matsumura 、 Transactions of the Society of Instrument and Control Engineers 、 E-6巻 1号 （頁 16 ～ 25） 、 2007年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 45．

  遺伝的プログラミング手法に基づくエージェントベーストレーダモデル 、 松村, 国屋, 木村 、 情報処理学会論文誌 、 47巻 9号 （頁 2869 ～ 2886） 、 2006年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 46．

  Function Approximation Approach to the Inference of Normalized Gaussian Network Models of Genetic Networks 、 S.Kimura, K.Sonoda, S.Yamane, K.Matsumura, M.Hatakeyama 、 Proc. of the 2006 International Joint Conference on Neural Networks （頁 4525 ～ 4532） 、 2006年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 47．

  超一様分布列を用いることによる遺伝的アルゴリズムの性能改善 、 木村, 松村 、 計測自動制御学会論文集 、 42巻 6号 （頁 659 ～ 667） 、 2006年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 48．

  Genetic Algorithms using Low-Discrepancy Sequences 、 S.Kimura and K.Matsumura 、 Proc. of Genetic and Evolutionary Computation Conference 2005 、 0巻 0号 （頁 1341 ～ 1346） 、 2005年 、 国際会議proceedings 、 共著 、 英語

• 49．

  遺伝的プログラミングを用いた関数最適化手法による遺伝子ネットワークのS-systemモデルの推定 、 松村, 種田, 木村 、 情報処理学会論文誌 、 46巻 11号 （頁 2814 ～ 2830） 、 2005年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 50．

  Inference of S-system models of genetic networks using a cooperative coevolutionary algorithm 、 S.Kimura, K.Ide, A.Kashihara, M.Kano, M.Hatakeyama, R.Masui, N.Nakagawa, S.Yokoyama, S.Kuramitsu and A.Konagaya 、 Bioinformatics 、 21巻 7号 （頁 1154 ～ 1163） 、 2005年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 51．

  Inference of Genetic Networks using Neural Network Models 、 S.Kimura, K.Sonoda, S.Yamane, K.Matsumura and M.Hatakeyama 、 Proc. of the 2005 Congress on Evolutionary Computation 、 0巻 0号 （頁 1738 ～ 1745） 、 2005年 、 国際会議proceedings 、 共著 、 英語

• 52．

  A Cooperative Coevolutionary Approach to the Inference of Genetic Networks 、 S.Kimura, M.Hatakeyama and A.Konagaya 、 Proc. of Joint 2nd Int. Conf. on Soft Computing and Intelligent Systems and 5th Int. Symp. on Advanced Intelligent Systems 、 0巻 0号 （頁 0） 、 2004年 、 国際会議proceedings 、 共著 、 英語

• 53．

  Parameter Estimation for the Simulation of Biochemical Pathways 、 S.Kimura, M.Hatakeyama, T.Kawasaki, T.Naka, A.Konagaya 、 Proc. of 15th IASTED Int. Conf. on Modelling and Simulation （頁 266 ～ 271） 、 2004年 、 国際会議proceedings 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 54．

  Inference of S-system Models of Genetic Networks from Noisy Time-series Data 、 S.Kimura, M.Hatakeyama, A.Konagaya 、 Chem-Bio Informatics Journal 、 4巻 1号 （頁 1 ～ 14） 、 2004年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

• 55．

  並列化に適した遺伝的ローカルサーチによる非線形関数最適化 、 木村, 高橋, 小林, 小長谷 、 計測自動制御学会論文集 、 40巻 4号 （頁 448 ～ 457） 、 2004年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 日本語

• 56．

  OBIYagns : A Grid-based Biochemical Simulator with a Parameter Estimator 、 S.Kimura, T.Kawasaki, M.Hatakeyama, T.Naka, F.Konishi and A.Konagaya 、 Bioinformatics 、 20巻 10号 （頁 1646 ～ 1648） 、 2004年 、 学術雑誌 、 査読有り 、 共著 、 英語

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